黄巢任命朱温为同州刺史，叫朱温自己去夺取那个地方。同州刺史米诚闻讯逃奔河中，朱温于是就据有同州。当时王铎带领两川和兴元的军队屯驻在灵感寺，泾原军屯驻在京西，易定军和河中军屯驻在渭北，邠宁军和凤翔军屯驻在兴平，保大军和定难军屯驻在渭桥，忠武军屯驻在武功，官军从四面八方集中到京畿。黄巢的势力已经大大在缩小，号令所达到的地方不超出同州和华州。民众为了躲避兵乱都逃入深山筑起栅寨自卫，农事就完全丢开了，在长安城中一斗米价值要三十串钱。贼人向官军买人口当作粮食，官军中有的人就抓来山寨中的老百姓卖给他们，一个人价值数百串钱，根据各人的肥瘦决定价格。

先前王仙芝抢掠江西，高安人钟传聚集了蛮人、獠人依傍山势构筑城堡，部众有上万人，王仙芝虽然攻陷了抚州而不能守住，于是钟传就占领了这个地方。这时候黄巢任命的同州防御使朱温屡次请求增派士兵以保卫河中，掌理右军事的孟楷却压下不报。朱温看到黄巢的势力一天不如一天，知道他将要灭亡了。他的亲信将领胡真、谢瞳劝他归顺唐朝，于是朱温杀了监军严实，以同州全城投降了唐将王重荣。朱温侍奉王重荣就像侍奉自己的亲舅舅一样，王铎秉承君命任命朱温为同华节度使，派遣谢瞳送上表文到皇帝驻地报批。华州刺史李详因为王重荣对朱温很好，也想归顺他，却被监军告发。黄巢就杀了李详，任命他的弟弟黄思邺为华州刺史。

朝廷任命朱温为河中行营招讨副使，又赦命他为宣武节度使，叫他在收复长安以后赶赴镇守。朱温率领他的部属几百人赶去上任，当时汴、宋等州连年饥荒，官府和民间的财物都已穷尽，内部骄纵的军队难以控制，外面又受到强敌的攻击，没有一天不打仗，大家都惶恐不安，然而朱温的勇气却更加振奋。皇帝下诏由于黄巢还没有平定，就任命朱温为右金吾大将军，河东行营招讨副使，担任东北面都招讨使，并赐名朱全忠。

当时平卢军大将王敬武任留后，这时各道的军队都集中到关中讨伐黄巢，唯有平卢的军队没有到。王铎派遣都统判官谏议大夫张濬前往说服他。然而王敬武已经接受了黄巢封给他的官职，不出来迎接。张濬见到王敬武就责备他说：〝你身为皇帝属下的大臣，却侮辱怠慢皇帝派来传达诏令的使者。你不能侍奉上官，又如何能使唤下属？〞

王敬武愣住了，当即表示谢罪。张濬宣读了诏令后，将士们都没有什么反应，张濬从容不迫地劝告大家说：〝一个人活着应该首先知道，什么是逆，什么是顺。其次要知道什么是利，什么是害。黄巢以前只是一个贩卖私盐的小贩罢了，你们竟然舍弃了历代的皇帝而去臣服于他，结果能有什么利益呢？现在天下保卫皇帝的军队都在京城附近集合，只有淄州、青州的军队不到。一旦平定了黄巢，皇帝回到了国都，你们这些人还有什么脸面去见天下的人民呢？还不赶快去争取一些功名，得到一些富贵，不然后悔就来不及了。〞

将士们听了都改变了态度，承认了错误并对王敬武说：〝张濬所说的话是对的啊！〞

王敬武于是派遣军队跟随张濬往西而去。起初黄巢还在长安时，陈州刺史宛丘人赵犨就对部下将领说：〝黄巢如果不死在长安，一定会向东逃走，陈州便首当其冲。而且黄巢一向与忠武军为敌，不可不及早做好准备。〞

于是将城墙沟堑都修筑完备，修缮补充好盔甲兵器，囤积粮食，把六十以内藏有财物和粮食的老百姓全部迁入城中。又招募了很多勇敢的士兵，派遣他的弟弟赵昶珝、儿子赵麓林分别率领。

孟楷攻下蔡州后，带领军队来攻打陈州，军队驻扎在项城。赵犨先是表现出很虚弱的样子，等侦查到他们没有防备时，便去偷袭他们，差不多将他们全部斩杀和俘虏，孟楷也被活捉杀掉。黄巢听到孟楷已死，非常惊慌害怕，连忙命令部队都集中驻扎在溵水一带。

黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，挖开了五重沟堑，分兵百路进击，城中的老百姓大为恐慌。赵犨告诉大家说：〝忠武军一向以义勇著称，陈州的军队又有劲兵的称号，何况我家吃陈州的俸禄已经很久了，我发誓与陈州共存亡。男子汉应当在牺牲中求得生存，况且为国家牺牲自己的生命，不是比投降贼寇忍辱偷生更有意义吗？若有不同意见的人格杀勿论！〞

然后赵犨分次带领精锐的部队打开城门出来攻击，大破起义军。黄巢更加愤怒了，于是就在陈州的北边扎下营寨，建立宫室设置百官，做好持久作战的打算。当时军中没有存粮，起义军就抢活人作为粮食，他们把活人扔到碓磨中去粉碎，连骨头一起吃掉，把供给这种粮食的地方叫做‘舂磨寨’。还放纵军队四处去掠夺，从河南府起到许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹、濮、徐、衮等几十个州都遭受他们的劫掠。赵犨派人从小路向邻近地区求救，于是周岌、时溥、朱全忠等带领军队前来救援他。朱全忠的部队和黄巢的部队在鹿邑交战，打败了黄巢，杀了二千多人，然后就带领部队进入亳州占领了这个地方。

但是黄巢的兵力还很强，周岌、时溥、朱全忠支撑不住，他们共同向河东节度使李克用求援，因此李克用率领蕃、汉骑兵五万从天井关出发。然而河阳节度使诸葛爽以河阳桥还没有修好为理由来推脱，他把军队驻扎在万善用以拒绝李克用通过，李克用只好调遣士兵从陕州、河中渡过黄河向东行走。

黄巢包围陈州将近三百天了，赵犨兄弟与黄巢打了大大小小几百仗，虽然军队的粮食已经快吃完了，但士气却更加高涨。李克用在陈州会合了许州、汴州、徐州、衮州的军队，这时尚让驻扎在太康，于是各路军队进兵攻取了太康。黄思邺驻扎在西华，各路军队又向他进攻，黄思邺逃走了。黄巢听到这个消息很害怕，就把军队退往故阳里，陈州的包围这才解除。

朱全忠听说黄巢即将来临，就带领军队回到大梁。途中下起了一场大雨，平地积水有三丈高，黄巢的军队被洪水冲散了。又听说李克用就要到来，就带领军队从东北方奔向汴州，洗劫屠杀了尉州的人民。尚让用五千名精锐的骑兵进逼大梁，到了繁台，朱全忠向李克用告急，李克用与忠武都监田从异从许州发兵，在中牟北边王满渡追上了黄巢，乘他们渡河到一半时奋勇攻击，大破了黄巢的军队，杀死一万多人，起义军全部溃散了。尚让率领他的部众投降了时溥，别将临晋人李谠、曲周人霍存、甑城人葛从周、冤句人张归霸和他的堂弟张归厚，率领他们的部众都投降了朱全忠。

黄巢越过汴州向北逃走，李克用在封丘追击黄巢又打败了他。这天晚上下起了大雨，起义军正惊慌恐惧地向东逃窜，李克用追赶他们途经胙城和匡城。黄巢收集残余的部众将近一千人向东奔向衮州，李克用追到冤句，骑兵中能够跟上的只有几百人。一天一夜走了二百多里路，士兵和马匹都很疲乏，携带的粮食也吃完了，于是回到汴州，准备装好粮食再追赶黄巢。途中俘获了黄巢的小儿子以及乘坐的车子、器用服饰、符信印玺等。还获得被黄巢掠走的男、女共一万人，李克用把他们全都送回去了。

李克用到了汴州，在城外扎下营寨，朱全忠一再邀请他入城住在上源驿。朱全忠设置酒席，准备的音乐、馔食、器具都非常精美丰盛，礼节也很周到。李克用乘着喝酒气势很盛，讲了一些侵犯朱全忠的话，朱全忠心中愤愤不平。到了黄昏酒宴结束，跟从李克用来的人都喝得大醉。宣武军的将领杨颜洪秘密与朱全忠商量，用连接的车辆和竖立的木栅来堵塞道路，发动军队围攻上源驿，一时呼喊声震天动地。李克用喝得烂醉，没有听到声音，他的亲信薛志勤、史敬思等十多人奋勇搏斗。侍从官郭景铢灭了蜡烛，扶着李克用躲到床下，用冷水浇他的脸，慢慢地将危难的情况告诉他，李克用这才张开眼睛，拿起弓箭一跃而起。

薛志勤用弓箭射杀汴人，杀死有十几个人，不一会四面烟火大起，逐渐燃烧过来。遇上天下大雨，雷电交加天昏地暗，薛志勤扶着李克用率领左右部属几个人翻墙突围，趁着雷电的闪光逃走。汴人守住桥梁，薛志勤他们经过奋力作战才得以通过。史敬思在后面抵抗，不幸英勇战死。李克用攀上尉州城门，用绳索系在身上吊下去才得以逃脱，监军陈景思等三百多人都被汴人杀死了。杨颜洪告诉朱全忠说：〝胡人在危急时一定是乘马逃走，你们看见乘马的人就用箭射杀好了。〞

这天夜里，杨颜洪乘坐的马正好在朱全忠的前面，朱全忠用箭射杀，杨颜洪当场倒地而死。

李克用的妻子刘氏聪明有谋略，李克用左右的亲信先逃回来的报告了汴人围杀李克用的消息，刘氏不动声色，立即把他们斩了，连忙暗中召集大将商议谋划保护军队撤退。李克用的养子李嗣源十七岁，跟随李克用从上源驿逃出，一路上穿过箭林石雨，唯独他没有受伤。李嗣源本来是胡人，名字叫邈佶烈，没有姓。李克用往往挑选出军队中骁勇善战的壮士收养为义子，他把回鹘人张政的儿子取名叫存信，把振武军的孙重进取名叫存进，把许州人王贤取名叫存贤，把安敬思取名叫存孝，都假冒姓李。

天快亮时，李克用回到了军营，他想带兵去攻打朱全忠，刘氏说：〝您近来为国家征讨贼寇，救援东方各个将领的危急，现在汴州朱全忠无理，想要谋害您，您应当向朝廷申诉才对，假如擅自发动军队互相攻打，那么天下的人怎么能分清这件事的是非曲直呢？那么这件事朱全忠也有话可说了。〞

李克用听从了她的话，就带领军队离开了，只写了一封信去责备朱全忠，朱全忠回信说：〝前天夜里的兵变，我完全不知道，是朝廷派遣使者和杨颜洪谋划要杀害你。杨颜洪已经死了，他是罪有应得，希望你能够体察原谅。〞

李克用到了许州以前的寨子，他向周岌求取粮食，周岌以粮食缺乏为推辞，李克用只好从陕州渡过黄河回到晋阳。李克用到了晋阳，于是大规模修整盔甲、兵器，他派遣榆次的镇将雁门人李存嗣献表章到皇帝那儿陈述说：〝我有击破黄巢的大功，但遭到朱全忠的暗算，仅仅免于一死。自将佐以下随行的三百多人以及他们的职官牌印都失去了，没有能够回来。朱全忠在东都、陕、孟等地贴出告示，说我已经死了，军队也已经溃散，还下令所统辖的部众遇见我们就拦截打击，屠杀斩首一个也不要遗漏。我的将士们都悲痛号泣哭诉冤屈，要求报仇雪恨。我认为朝廷最公正，应该等待皇帝的诏命安抚劝导大家，止息他们的怒怨，使他们回到原来的地方。请求派遣使者来考察询问，发动军队去诛杀讨伐朱全忠。我将派遣我的弟弟李克勤率领一万名骑兵在河中等候命令。〞

当时朝廷认为黄巢刚刚平定，正想对各方采取宽容的政策，看到了李克用献上的表章，担心又起战乱，只好派遣亲信宦官带着诏书好言安抚李克用，从中进行调解。李克用前后总共八次上奏表章说：〝朱全忠嫉恨有功劳有才能的人，是个阴险狡猾制造祸乱的贼寇，以后一定会成为国家的灾难。请求皇帝下诏削去他的官爵，我亲自率领本道的军队去讨伐他，不用国家供给粮食开支薪饷。〞

皇帝多次派遣杨复恭等晓瑜旨意说：〝我深知你的冤屈，但现在正是多事之秋，你也姑且顾全国家大局。〞

李克用始终郁郁不平，他上奏请求把本属振武节度的麟州划归为河东节度，又请求任命他的弟弟李克脩为昭义节度使，朝廷都同意了，因此昭义被分成了两个镇。朝廷又进封李克用为陇西郡王。李克用请求罢免云蔚防遏使，仍旧隶属河东，朝廷也听从了他的意见。当时藩镇之间互相攻击的，朝廷不再为他们辨明是非曲直了，从此这些藩镇互相侵占吞并，只看势力的大小，就算都不禀告朝廷也无所顾忌了。